Pek çok ERP uygulamasının başarısız olma nedenleri arasında, ERP uygulanacak kurumun ihtiyaç ve istek analizlerinin tam olarak tespit edilmemesi, uygulama zamanının doğru seçilememesi, entegratörün sektörle ilgili yeterli bilgi ve tecrübe birikimine sahip olmaması gibi nedenlerden dolayı istenen sonuç elde edilemeyebilir. Bunların nedenleri sıralayacak olursak;

• Üst yönetimin ERP'ye olan inanç ve destek eksikliği
• Kurumun sorunlarının ve gelecekle ilgili beklentilerinin yetersiz analizi
• Entegrasyonu sağlayan firmanın ve ürünün doğru seçilmemesi
• Entegrasyonu sağlayan firmanın çözümle ilgi destek, araç ve yöntemlerinin yetersizliği
• Uygulanacak ERP uygulamasının gerekliliği ve pozitif propagandasının yeterli olarak yapılmaması
• ERP projesinin analiz, kurulum ve uygulama süreçlerinde doğru görevlendirmelerin yapılmaması
• Kurum ve personelin eski iş yapma yöntemlerinden vazgeçmekte direnmesi
• Personelin isteksizliği veya eğitim düzeyinin düşüklüğü,
• Sisteme veri girişlerinin yetersiz, hatalı, düzensiz olması ve sürekli olmaması

ERP uygulamasının istenilen sonucu verebilmesi için sistem içinde sağlıklı veri girişlerinin mutlaka yapılması gerekir. Veriler kurumun yapısına uygun belirlenen kriterler ışığında girilmiyorsa, ilgili zamanlarda, doğru girilmiyorsa, sistemin doğru sonuçlar üretmesi beklenemez. Örneğin, stok takip sorumlusu stok bilgilerini girmiyor yada gecikmeli olarak giriyorsa, güncel stok bilgilerine ulaşılamaz. Dolayısıyla müşteri temsilcisi teklif ve sipariş aşamalarında istenilen hizmet kalitesini kurumsal müşterilere sağlayamayacak, teslimatlarda sorunlar yaşanacak, finans bölümü sıkıntılar yaşayacak, üst yönetim firma ile ilgili dönemsel raporları sağlıklı alamayacak. Sistemin kullanıcıları işlerini yapmadıkları sürece kusursuz bir ERP uygulamasının dahi başarılı olma şansı yoktur.